生物醫藥行業對知識產權的依存度是非常高的，醫藥企業對醫藥知識產權的保護也貫穿于整個藥物的生命周期，化學藥品的專利類型概括如下圖所示：
一、化合物專利
化合物專利通常是大家關注的重中之重，包括通式化合物、藥學上可接受的鹽、活性代謝產物、前藥、手性藥物/光學異構體、中間體、衍生物、藥物雜質等。
1.通式化合物，也稱為基礎化合物，該類化合物的專利僅指化合物核心結構的專利，通常稱為核心專利，其不包括以酸根、堿基、金屬元素、結晶形式等結構改變實施保護的化合物專利。
化合物核心專利的特點是技術含量高、其權利要求保護的范圍寬、對真正目標化合物的隱蔽性強。通式化合物專利一旦獲得授權，則是對化學物質或藥物活性分子( API) 的絕對保護，通常難以規避，針對 API 的權利要求一般也很難被專利無效掉。
2.藥學上可接受的鹽，很多化合物作為藥物，最后上市的都是鹽型，如馬來酸桂哌齊特、鹽酸帕羅西汀、二甲苯磺酸拉帕替尼等?；衔锏柠}可在某種程度上改善藥物本身的物理溶解性，提高藥物的生物利用度。由通式化合物本身出發，在其基礎上進行的化合物鹽的二次創新，間接延長了具體藥物的專利保護期。
例如輝瑞公司曾經最暢銷的降血脂藥立普妥( 阿托伐他汀) ，其于1986 年5月30日申請的美國專利 US4681893，保護了含有阿托伐他汀的通式化合物及其藥學上可接受的內酯水解鹽，其申請的后續專利 US5273995 則保護了阿托伐他汀及其鈣鹽( 即阿托伐他汀鈣) ，'893 和 '995 分別都通過兒科用藥( pediatric medication，PED) 6 個月的市場獨占期規定，獲得專利期延長半年，其過期日分別為 2010 年 3 月 24 日、2011 年 6 月 28 日，這兩個重要的專利使得該藥物的專利保護期延長了 5 年。
3.活性代謝產物， 在進行化合物的藥物代謝動力學研究時，可能會意外發現， 某 1 種或幾種代謝產物比藥物本身的活性更強。因此可以對活性代謝產物進行專利布局，并進一步將代謝產物開發成新一代的藥物，以取代原化合物的市場。
例如輝瑞( 原惠氏) 原研的抗抑郁藥鹽酸文拉法辛( 商品名: 怡諾思) ，其于 1993 年12月28日在美國批準上市，化合物專利已于2008 年過期。而為了對抗通用名藥的激烈競爭， 以及填補怡諾思專利到期后可能出現的市場空缺， 惠氏公司特意推出琥珀酸去甲文拉法辛( 商品名: Pristiq) ，并于 2008 年2月29 日獲得 FDA 批準。去甲文拉法辛是文拉法辛的活性代謝產物，其抗抑郁的效果與文拉法辛相似，但可明顯降低因藥物相互作用引起的風 險。 該藥物的化 合物專利 US6673838 于2022年2月11日才到期，相當于是將原產品的專利保護期延長了 14 年。
4.前藥，也稱前體藥物、藥物前體、前驅藥物等，是指藥物經過化學結構修飾后得到的在體外無活性或活性較小、在體內經酶或非酶的轉化釋放出活性藥物而發揮藥效的化合物。
例如吉利德公司成功開發并上市 的新型核苷酸類逆轉錄酶抑制劑替諾福韋酯，即是替諾福韋的前藥形式。
5.手性藥物/光學異構體， 在進行手性藥物開發時需要考慮，光學異構體是否比消旋體的藥效更好，或者光學異構體相對于消旋體有明顯的增效作用? 是否有涉及毒性的異構體? 在實際的研發過程中，可能會發現起藥效作用的活性異構體; 或者通過異構體轉化方法，將無活性異構體轉化成活性異構體，那么此時可以申請布局在基本專利中沒有具體提及或者描述的、具有不可預見的優點的、更具活性的異構體化合物專利。
例如目前暢銷的抗血栓藥硫酸氫氯吡格雷( 商品名: 波立維)，其左旋異構體在50 mg/kg的給藥劑量時會產生明顯的神經毒性，但是右旋異構體無神經毒性，因此上市的是右旋異構體。
6.醫藥中間體， 醫藥中間體主要作為精細化工的重要組成部分，逐漸成為各國發展化學工業的重點與核心，最終臨床使用的合格藥品，都是依賴于各類高質量的醫藥中間體合成出來的。發展新的醫藥中間體、以及現有醫藥中間體的制備方法專利，是對現有醫藥專利形式的有益補充。
7.衍生物， 主要涉及對化合物、中藥單體等的結構改造、氘代等。例如，已上市的氨芐西林、苯唑西林、阿莫西林等均為青霉素衍生物。貝達藥業上市的治療肺癌的國家1類新藥鹽酸埃克替尼( 化合物專利 CN1305860C)，即是在對厄洛替尼進行結構改造，并突破厄洛替尼化合物專利( CN1066142C) 而 得到的。
8.藥物雜質， 藥物研發特別是非專利藥研發過程中，對藥物雜質譜的關注日益增強，企業可以布局一些藥物雜質合成、分析及定量、限量檢測方面的專利。
二、晶型專利
晶型是藥物保護的最常見形式，通常在開發出基礎化合物后，申請人會陸續申請晶型專利，擴展并加強對基礎化合物的保護。化學結構相同的藥物，可因結晶條件不同而得到不同晶體，藥物多晶型現象也是影響藥品質量與臨床藥效的重要因素之一。
藥物優良的晶型可提高 API 的熱力學穩定性、提高制劑穩定性，好的晶體有利于制劑成型; 通過結晶可提高 API 的純度，提高溶解度、增加生物利用度、提升藥效。因此在實際研發工作中，對藥物晶型的專利保護包括但不限于單晶、多晶、共晶、結晶水合物、溶劑化物、無定形固體、顆粒的粒度等。
三、制劑專利
制劑專利涉及的方面有制劑開發、制劑生產工藝改進、制劑升級等。在制劑研究中，綜合考慮化合物的各種性質基礎上，開發出最合理的產品劑型( 如普通劑型的片劑、膠囊、顆粒、注射液等) 、制劑工藝( 如干法制粒、濕法制粒、粉末直接壓片) 以及車間生產工藝改進等。另外，制劑開發還涉及新劑型，藥物通常是先以標準的片劑、膠囊或者注射劑形式上市，但是，隨著藥物核心專利失效日的來臨，藥物的研發公司會尋求開發出新的劑型以滿足不同的市場范圍和不同患者人群的需求。
對現有藥物進行的劑型改良，如由普通劑型轉變為高端劑型如緩控釋制劑、皮下植入劑、納米混懸劑等，然后針對新劑型進行工 藝的二次開發，并申請專利，可有效拓展現有藥物的使用范圍，延長專利保護期。
例如 GSK 的原研藥鹽酸羅匹尼羅，其在片劑專利期滿后的 2008 年推出羅匹尼羅緩釋片，繼續占領帕金森病藥物市場，而鹽酸羅匹尼羅緩釋片在中國的授權專利 CN1198598 將于 2021 年 4 月才到期。
四、藥物組合物專利
藥物組合物包括:
① 含有 1 種新化合物和可藥用載體的組合物。
② 含有 1 種藥用新化合物和 一種或多種已知的藥用化合物的組合物。
③ 含有 2 種或 2 種以上已知藥用化合物的組合物，該組合物必須是新的，且有藥效學比較數據證明該藥物組合物中 2 種或 2 種以上組分具有明顯的協同作用。
例如吉利德公司治療丙肝的復方制劑 Harvoni 。其中索非布韋( sofosbuvir) 是迄今為止最為高效的丙肝治療藥物之一，2013 年12 月被 FDA 批準上市，2014 年全年銷售額達到了驚人的 102.8 億美元。2014 年1月，吉利德布局專利 WO2014120981 ( 同族 CN104144682) ，要求保護含有治療有效量的雷迪帕韋和治療有效量的索非布韋的藥物組合物，該專利對應的復方藥物索非布韋/雷迪帕韋片( 商品名: Harvoni) 也于2014年10月10日獲美國 FDA 批準上市，該復方制劑在隨后 的 2個月內銷售額就達到了 20億美元，這是一個很經典的藥物組合物案例。
五、制備方法專利
制備方法專利涉及對化合物、晶型、制劑等產品的化學或生物制備新方法、新路線，精制或純化方法、制劑工藝等。此外，藥物中間體的制備專利保護對方法專利有很好的加強作用，雜質的制備與分離專利對藥物的 API、質量分析也是一個很好的補 充。
制備方法專利應該具備以下創新點或者有益效果: 提高產率，改善質量，節約能源，防治了環境污染，避免使用毒性試劑和溶劑，使用非復雜和非昂貴的起始物料，容易分離和提純最終產物，容易按比例 擴大生產規模等。但是方法類專利的弊端在于: 就 算發現被侵權，也比較難舉證。所以有時候，國外藥企會把一些核心的工藝方法、精制方法專利按照技術秘密保護，而不是進行專利形式的保護。
六、分析方法專利
藥物及其中間體、制劑等的分析方法、檢測方法是用科學手段解決了“如何檢驗出藥品中是否含有某種成分或成分含量多少的問題”，是在專利授權范疇內的。分析檢測方法專利能否得到授權，最重要的還是要體現出該方法滿足專利授權的三性條件。
七、藥物新用途專利
2016 年3 月CFDA 發布《化學藥品注冊分類改革工作方案的公告》( 2016 年第 51 號) 中的藥品新注冊分類“2.4 類”藥物為含有已知活性成份的新適應癥的制劑。 其具有的優勢為: 成藥性高、研發經費低、有廣闊的知識產權空間。
例如輝瑞公司最開始研制用于治療冠心病的藥物西地那非( sildenafil) ，在1991年實驗發現對冠心病的治療效用不能達到研究預期，但是在臨床試驗中陸續發現了其用于治療勃起功能障礙( CN94192386X) 、肺動脈高壓( EP1097711) 的新用途，相繼于1998 年、2005 年經FDA 批準并應用于臨床至今。
八、藥物新規格專利
關于這個方向，有一個很典型的例子是治療阿爾茲海默病的藥物多奈哌齊，由日本衛材公司原研，最開始臨床應用的劑量是 5 和 10 mg，分別用來治療 輕、中度阿爾茲海默病，后來衛材公司申請了23 mg 高劑量多奈哌齊用于治療重度阿爾茲海默病患者 ( US8481565B2) ，并成功獲得 FDA 批準。這樣，衛材公司的多奈哌齊成為了目前綜合治療輕、中、重度阿爾茲海默病的理想藥物。
九、制藥設備，裝置，包裝等專利
在評價此類專利創造性的時候，可以有針對性的進行發明專利、或實用新型專利的申請。對于同一個主題的專利申請，如該專利具備較高的創造性，則我們可同時提交發明專利和實用新型專利申請，實用新型專利一般不經過實審，會在大約半年后得到授權，獲得10 年的實用新型專利保護，而發明專利會經過實審程序，如發明也具備授權條件，則我們 需放棄實用新型的權利，轉變成 20 年的發明專利保護，即延長了 10 年的專利保護期。
綜上所述，通過在研發階段即有節奏、有針對性地對該藥物進行專利的布局，從而為該產品上市后贏得一定的市場份額提供技術保障。