1.項目文獻調研
專利：化藥原料藥的原研廠家，廠家化合物專利，工藝專利布局情況；其他仿制廠家的專利布局情況（此部分屬于知識產權一塊，在調研過程中，往往需要注意專利情況）。
質量標準調研：原研在專利或文獻（如JMC）上公布的中間體及API純度或已上市廠家標準、藥典（EP5.0、EP6.0、EP6.6、USP38、BP2009）；如所列文獻未具體提到，可以參考通行的做法，中間體純度一般到純度>99%，單雜<0.5%，API純度>99.5%，最大單雜<0.1%。
確定晶型（固體API）：API（在不同的結晶條件下，相同的API往往會得到各種不同的晶型，但是往往只有其中一種或兩種或混合的晶型才是藥用晶型）藥用晶型的制備方法。
分析方法調研：分析方法在是工藝開發的重中之重的問題，在文獻調研過程中，部分文獻及專利有時候會給到中間體及API的中控及分析方法甚至是連柱子的型號，規格參數都會列出，有如此參考，可大大降低分析方法開發的時間和壓力。此外，在文獻及專利中未透露其分析方法情況，可依據化合物的結構情況，對類似結構的化合物（重點關注結構式上的官能團）進行找尋。
合成路線：對API和中間體的調研，最看重的就是合成路線情況。合成路線的確定，往往需要綜合幾個專利或者文獻的方法進行重新設計或綜合。善于利用已有的合成路線方法，把各專利文獻中的優勢反應步驟及方法能揉合到新的路線中，則可使工作事半功倍。
物料市場調研：起始物料（KSM）、原料藥的價格（正規市場和非正規市場，）、供應商資質調研（涉及到特殊反應的特殊物料，往往更換供應商后，及時在質量上在檢測過程中任何差異，但是往往就是做不出來，尤其是催化、偶聯類型的反應）。
MSDS調研：確定好KSM后，需要對每種物料的MSDS進行調研，并對項目相關人員進行培訓（所有項目，安全第一）。
2. 小試路線的打通的問題
首先要確立小試路線需要解決的問題：
2.1 打通反應路線
2.2 拿到反應路線關鍵中間體的純品并對其進行結構確定，一般用低分辨質譜和氫譜即可，必要時可做碳譜等。API則需要測定氫譜、碳譜、質譜、如果允許，元素分析各種二維譜及DEPT譜。
2.3 拿到反應路線關鍵中間體及API的反應中控方法（TLC，HPLC）及分析方法（HPLC），并對反應路線中，各關鍵中間體的雜質進行推斷，并以雜質情況，以及在分析方法建立過程中，根據峰形、峰的分離度情況對分析方法可靠性進行評估。
2.4 破壞性實驗，包括每步反應的極限條件（溫度，反應時間，物料配比，物料-溶劑比例，產品烘干時間及溫度）。
2.5 小試工藝驗證問題，拿到小試工藝路線后，對小試工藝路線的條件優化完畢后，需要對小試路線進行驗證，并設計其驗證方案。
2.6 小試的規模。一般打通小試路線時的規模為克級投料（要充分考慮放大的情況，一般放大的倍數為10~50倍），太小難以放大。
2.7 小試路線各中間體及API的純化方法。小試路線各中間體，如是低熔點的中間體，如是含氮類化合物可以考慮做成鹽純化，如是其他結構，則根據情況進行低溫或梯度降溫情況進行純化。中間體可以考慮采用打漿、重結晶方法，在獲取小量標準品時，可用柱層析或制備柱的辦法。API一般情況下應考慮重結晶。
2.8 API晶型的確定。一般情況下，固體藥物會存在多晶情況，適合藥用的往往只是其中一種或者兩種晶型的混合晶型。應根據其晶型的要求，在純化過程中，應充分考慮其晶型的制備方法與純化可否同時實現。
2.9 API的粒徑要求。粒徑往往會影響到后續的劑型開發及制備。粒徑通用的幾種方法（濕法、干法、顯微鏡觀察等），一般情況下，拿到樣品后，條件允許應該要測粒徑，重點關注其d0.5，d0.9，并且用干法和濕法兩種方法測定。兩種方法，如果采用馬爾文機器，加起來大概要用到10 g左右。
中試工藝的開發
一般小試工藝打通路線，并進行平行三批驗證后，驗證結果比較穩定（收率、質量、雜質分布出入不會特別大的情況下）下，考慮將工藝進行一定系數的倍數放大，放大后的過程簡稱為中試工藝開發。
中試工藝開發一般包括如下幾個方面因素要注意：
1. 根據反應特征來選取合適的反應裝置體系。
在中試過程中，往往是需要解決小時到放大過程中的一系列的問題。中試一般合成過程中需要考慮的是反應的特征情況。比如，小試反應過程中，有些物料是強酸性腐蝕的物料（濃硫酸等），是可以通過恒壓滴液漏斗進行滴加的，那么在中試過程中，就需要考慮，采用搪瓷或玻璃的滴加罐，此外在小試過程中，在滴加物料過程中，需要考慮滴加物料后，反應體系放熱情況。在小試過程中，往往放熱不明顯，加上小試過程中的良好攪拌，往往觀察不到放熱的具體情況。而放大后，很多反應釜是對攪拌速度有要求的，攪拌效果往往不如小試理想，因此，在中試過程中，就需要解決此類問題。根據反應體系的特征，對中試反應釜的選取，如，一般生產的過程中，面對強酸的反應釜可以采用搪瓷釜進行。但是需要注意在滴加腐蝕性物料的過程中，物料對法蘭接口的腐蝕情況。
2. 三廢處理。
小試過程中，廢水、廢液量都比較小，往往可以直接用小瓶子小桶收取來待回收。但開始中試后，往往需要注意廢液回收套用的問題。比如涉及多步萃取反應的體系，反應體系溶劑濃縮后，如可以回收繼續下一次萃取，則應考慮回收。針對廢氣，在小試過程中，往往是在通風廚中進行，稍微滲漏點尾氣沒有什么特別大的問題。但是在中試或放大過程中，稍有不慎則會導致大量的廢氣溢出，腐蝕設備，更有甚者傷害他人。因此，在中試過程中，應對尾氣的吸收充分估計到位。
3. 工藝穩定性。
工藝的穩定性，往往決定了一個工藝的好壞。小試穩定的工藝，在放大到中試后，有些工藝在小試過程中，往往很容易就拿到高純度的樣品，但是放大后，往往不容易拿到純品。此時，應考慮純化方法的優化。如，部分雜質可否通過萃取、重結晶、打漿、洗滌、先活性炭或硅膠吸附后再重結晶或打漿等方法除去，最不可取的為柱層析，使用溶劑量比較大，成本太高。筆者曾經經歷過一個工藝是需要先柱層析再重結晶的項目，周期時間長，壓力，成本高出預期，壓力甚大。
4. 雜質譜分析。
小試過程中，雖然已對一些雜質進行了分析，但是很遺憾，放大過程中，因反應時間比小試時間長（工藝耐受性問題需要充分考慮，往往需要在小試過程中，通過破壞性實驗來界定），滴料、后處理、攪拌存在盲區等問題，往往會導致中試的過程中，雜質會比小試時多，因此，有必要對中試后的雜質譜和小試時的雜質譜進行分析。此外，還需要考慮是否會產生新的類似于基因毒性的雜質。基因毒性的雜質在正規或非正規市場等的要求都比較高，所以要引起充分的注意，具體的可參考基因毒性雜質文獻。
5. 后處理優化。
小試過程中，因為投料量比較小，有的小試樣品，往往無法得到很好的固體樣品，尤其是含氮類化合物的低熔點中間體或API。放大后，因為樣品量比較大，更容易產生晶核，往往在小試過程中，沒辦法得到固體樣品的項目，在適當放大后往往很容易得到高程度的樣品。此時應增加反應處理完后，純化樣品前的監測，筆者曾經經歷的一個項目就是小試的時候需要進行重結晶，但是放大后，直接反應體系析出來的產品純度即可滿足出貨要求，從而降低生產周期和成本。此外，在純化過程中，如小試的純化方法不可行，也可在中試過程中進行驗證。此外，筆者還經歷某一個項目，在析晶過程中，如采用攪拌析晶，則得到的樣品全是黃色的固體（和母液顏色一致），而采用靜置析晶，得到的樣品均未白色的固體。
6. 烘料考察。
部分項目，因此產品的特殊性，往往會把部分溶劑包含在產品中，小試過程采用的鼓風干燥器，對這一類的產品烘干效果往往比較好。但是，轉到中試后，往往采用的是雙錐干燥器，使用雙錐干燥器后，往往會發現及時雙錐轉動了很久，檢測時往往發現其依然在水分，溶殘上不合格，更有甚者產生新的雜質或API在烘料過程中，晶型直接發生較大的轉變。因此就需要對烘料過程進行進一步考察。筆者曾經經歷的一個混合晶型的項目開發，以前的人都是做的很小，直接用股份干燥器就可每次都得到合格的樣品。但是放大后發現，無法重現。后來發現，放大后，依舊用鼓風干燥器，并在規定的時間內，把水分和溶殘都烘到一定的程度，混合晶型的產品即可穩定得到。而在另一個項目過程中，則經歷了水分烘干至0.5%以下，殘渣、干燥失重合格后，但是產品保存一段時間后往往發現其顏色會產生較大的變化，而部分批次則不變色。后來經過深入分析發現，是產品重結晶所用的溶劑溶殘要到一定純度后，方才不會發生變色情況。
7. 工藝驗證
作為小試和放大生產之間的過度階段，中試反應在得到比較穩定的條件后，往往需要進一步優化。如滴料方式，后處理析晶，萃取等等。拿到優化參數后的工藝（部分企業采用6sigma），往往還需要進行驗證，驗證穩定了再進行下一步的放大。只有每一次的驗證都在目標范圍的質量穩定范圍內，方可進行下一步放大。
8. 中試工藝的總結。
一般做完中試后，往往需要項目組成員對項目進行一次徹頭徹尾的總結。因為這中試過程中，往往出現三班倒的情況，部分實驗現象、部分異常情況不是每一個班組的負責人都非常清楚或了解的。因此，作為項目負責人有責任召集項目負責人，對項目的在中試過程中的反應現象進行一個良好的總結。
9. 整理收集中試過程中，所有的中控及產品的分析圖譜，并對中控圖譜過程中（如萃取過程中，水相有機相的變化）的變化進行分析后歸檔保存，歸后來者查閱。